小学校の６年間における子どもたちの心の成長は著しく、その後の人間形成にも大きな影響を及ぼします。この大切な時期の健やかな心の成長のために、毎朝礼拝を行い、自己を見つめる時間を重視。さらにカウンセラーを常置する万全の体制で、子どもたちの心のケアに取り組んでいます。

西南学院小学校の教育目標を達成するために、一部の科目には専科制を採用しています。心の成長に重要な役割を果たす「宗教」、自然･環境への基礎的学びとして重要な「理科」、しなやかな感性を育むための「音楽」「図画工作」において、専科の教員による教育を行っています。

世界的視野を身につけるために、1年次から外国語教育を取り入れています。いわゆる「語学」としての外国語習得を目指すのではなく、日本語教育を基礎にしたうえでの異文化理解の一端として指導。将来にわたって楽しく外国語学習に取り組めるよう、専任の外国語教員によるカリキュラムを展開しています。

小学校の卒業時までに、高い学力を習得できるよう、新学習指導要領を上回る授業時数を確保。様々な教科活動を通して、知的好奇心や豊かな感性、のびやかな身体を育みながら、確かな学力と学習習慣を身につけるよう努めています。

西南学院小学校では、食育を重視した結果、校内に厨房を設置した完全自校式の給食を採用。栄養バランスに配慮して調理された食事を、温かいものは温かく、冷たいものは冷たくいただくことで、子どもたちの健やかな発育を支えます。また、食材の産地や食の安全などを学ぶ機会を設け、食に関する意識も高めていきます。